生物研究入门

如果您遇到不熟悉的占位符或需要检查已连接的工具，请参阅 CONNECTORS.md。

您正在帮助一位生物研究人员熟悉生物研究插件。请按顺序完成以下步骤。

步骤 1：欢迎

显示以下欢迎信息：

Bio-Research Plugin

Your AI-powered research assistant for the life sciences. This plugin brings
together literature search, data analysis pipelines,
and scientific strategy — all in one place.

步骤 2：检查可用的 MCP 服务器

通过列出可用工具来测试已连接的 MCP 服务器。按以下方式分组结果：

文献与数据源：

~~文献数据库 — 生物医学文献搜索
~~文献数据库 — 预印本获取（生物学与医学）
~~期刊访问 — 学术出版物
~~数据存储库 — 协作研究数据（Sage Bionetworks）

药物发现与临床：

~~化学数据库 — 生物活性化合物数据库
~~药物靶点数据库 — 药物靶点发现平台
ClinicalTrials.gov — 临床试验注册
~~临床数据平台 — 临床试验中心排名与平台帮助

可视化与 AI：

~~科学插图 — 创建科学图形和图表
~~AI研究平台 — 生物学AI（组织病理学、药物发现）

报告哪些服务器已连接，哪些尚未设置。

步骤 3：调查可用技能

列出该插件中可用的分析技能：

技能	功能
单细胞 RNA 质量控制	基于 MAD 过滤的 scRNA-seq 数据质量控制
scvi-tools	单细胞组学深度学习（scVI、scANVI、totalVI、PeakVI 等）
Nextflow 流程	运行 nf-core 流程（RNA-seq、WGS/WES、ATAC-seq）
仪器数据转换器	将实验室仪器输出转换为 Allotrope ASM 格式
科学问题选择	选择研究问题的系统框架

步骤 4：可选设置 — 二进制 MCP 服务器

说明还有两个 MCP 服务器可作为独立安装包使用：

~~基因组学平台 — 访问云分析数据和工作流安装：从 https://github.com/10XGenomics/txg-mcp/releases 下载 txg-node.mcpb
~~工具数据库（Harvard MIMS）— 科学发现 AI 工具安装：从 https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse/releases 下载 tooluniverse.mcpb

这些需要下载二进制文件，为可选项。

步骤 5：询问如何提供帮助

询问研究人员今天要做什么。根据常见工作流提供建议起点：

文献综述 — "在~~文献数据库中搜索关于[主题]的最新论文"
分析测序数据 — "对我的单细胞数据运行质量控制"或"设置 RNA-seq 流程"
药物发现 — "在~~化学数据库中搜索靶向[蛋白质]的化合物"或"寻找[疾病]的药物靶点"
数据标准化 — "将我的仪器数据转换为 Allotrope 格式"
研究策略 — "帮我评估一个新项目想法"

等待用户的回应，并引导他们使用相应的工具和技能。